微生物肥料和农用微生物菌剂都是通过有益微生物促进作物生长的生物制剂产品，但二者在成分、功能、施用方法和适用场景等方面均存在明显区别微生物肥料 。准确把握这些差异，对种植户合理选用产品、提升生产效益具有重要意义。
微生物肥料是以特定功能微生物为核心，添加有机质或者无机养分（如氮、磷、钾等）制成的肥料，属于“微生物+营养”的复合体微生物肥料 。常见的微生物肥料有生物有机肥和复合微生物肥料。
生物有机肥指特定功能微生物与主要来自动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等），并经无害化处理、充分腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料微生物肥料 。执行标准NY884—2012，具体指标要求如下：有效活菌数不少于0.2亿/克、有机质含量40%以上、有效期≥6个月。复合微生物肥料指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。执行标准NY/T798—2015，固体复合微生物肥料有效活菌数≥0.2亿/克、氮磷钾总养分含量8%~25%、有机质含量≥20%、有效期≥6个月；液体复合微生物肥料有效活菌数≥0.5亿/毫升、氮磷钾总养分含量6%~20%、有效期≥3个月。
农用微生物菌剂是将目标微生物（即有效菌）经过工业化生产扩繁后加工而成的活菌制剂微生物肥料 。执行标准GB20287—2006，不同剂型方面有着明确规定：液体农用微生物菌剂有效活菌数≥2亿/毫升，杂菌率≤10%，保质期≥3个月；粉剂有效活菌数≥2亿/克，杂菌率≤20%，保质期≥6个月；颗粒剂有效活菌数≥1亿/克，杂菌率≤30%，保质期≥6个月。
微生物产品主要通过以下两个方面促进植物生长：一方面，内含的活性微生物能够分解土壤中的有机质，释放氮、磷、钾等养分，促进作物对养分的吸收利用；另一方面，通过改善土壤团粒结构，增强土壤的保水保肥性能，优化根际微生态环境，提高肥料利用效率，促进作物健康生长微生物肥料 。相比之下，农用微生物菌剂的作用机制更为直接，它可通过调节土壤微生物群落结构，快速恢复土壤生物活性，在维持根际微生态平衡的同时，持续改善土壤肥力状况。
微生物肥料和农用微生物菌剂在施用效果和施用方式上存在明显差异微生物肥料 。微生物肥料具有缓效性特点，施用后微生物需在土壤中的繁殖、代谢和物质转化后才能发挥作用，见效相对较慢，但长期施用可显著改善土壤生态环境。建议将其作基肥在播种前施用，或在作物生长关键期作追肥施用。农用微生物菌剂在适宜的土壤环境条件下（包括合适的pH值、温度和湿度）能够快速发挥作用，特别适用于解决缺素症和连作障碍等土壤问题。其施用方式以蘸根、拌种或灌根为主，有助于有益微生物在作物根际快速定殖，避免与杀菌剂同时施用，以免影响施用效果。
在实际生产中，种植户可根据当地种植习惯、土壤特性、作物品种及投入成本等因素，科学选用微生物肥料或农用微生物菌剂微生物肥料 。推荐采用“基肥+关键期”的施用方案：即基肥施用微生物肥料，作物生长关键期喷施农用微生物菌剂，可获得更佳应用效果。微生物肥料与农用微生物菌剂均应在阴凉干燥环境下储存，并避免在强酸、强碱环境及高温干旱条件下施用。（周燕芬）